幕府が日本国を支配しつつある今。陰では小さな豪族同士が競り合っていた。
幕府は其れを許すわけもなく、その中でも有力であった豪族は、『携帯獣』による奇襲をかけてきた。
当時有力であった豪族グループ『桜衆（おうしゅう）』は、見事に打ち砕かれ、絶滅寸前にまで達し、
もはや修復不可能とまで噂された。
―――――それから時は四十年を経た。
桜衆は奇跡の修復を成功させ、勢力を強めていった。この豪族が成長を遂げた理由は言うまでもない。
携帯獣（ポケットモンスター）の養成だった。彼らは一人六個という制限を定め、新しい力を手に入れた。
充実に着々と力を付けた桜衆であったが、四十年前の悲劇を恐れた支配者は、
桜衆所属の人間に、身分を与えた。それは、年齢を問わず強い者から高い「ランク」を格付けするという大規模企画であった。
――――――そして其れから十年
桜衆に警戒信号が鳴らされた。もう幕府は目の前まで近づいているのである・・。
そこで、桜衆の支配者は重要な任務伝令を流した。その内容は危険すぎた為、上位ランクの人間が出ることになった。
「――桜衆で優秀な人間五人がスパイとして幕府に侵入し、内部から破壊せよ――」
・・・二十時間に及ぶ会議の末、遂に五人が選ばれた。
――進藤鉄兵――松本猪衛門――牡草雄之介――宮嶋龍司――沖之浦半蔵
隊長・大将レベルの人間が結集し、間もなく「幕府内部破壊」への旅が始まろうとしていた・・・。