この世界とは別に存在する「ポケモンの世界」。
ポケモンの世界では、闇の組織「ダークフラグメント」の力により、ポケモンたちが道具のように扱われていた。
ポケモンの世界にいた幻のポケモンは、自分の持っている「２つの世界をつなぐ力」を使い、ポケモンたちを自由にしようとしたがダークフラグメントにその力がばれてしまい、殺されてしまった。
この世界に住む、さち、佐藤先生ともう一人の協力者は幻のポケモンを蘇らせ、ポケモンたちを救うため不思議なガラス玉の力を使い、毎夜ポケモンの世界へと旅立つ。
2つの世界をつなぐ力を持っている。
ポケモンの世界でポケモンが道具として扱われているため、この世界（ポケモンがいない世界）とポケモンの世界をつなぎ、ポケモンたちを自由にしようとしていた。
しかしポケモンの世界の闇の組織「ダークフラグメント」にその力が知られてしまい、住んでいた山の頂上で殺された。
組織に狙われていることがわかっていた幻のポケモンは、緑色のガラス玉がついた宝箱のような箱ともう一つ別の形で自分の一部を残した。
この世界とポケモンの世界をつなぐことに反対している闇の組織。
ポケモンを使い、ポケモンの世界だけでなく、この世界も自分たちのものにしようとしている。